审计师在使用审计风险决策模型时，需意识到其存在的局限性。首要问题是模型中各因素风险的主观性评估。审计师对风险的判断并非绝对准确，只能视为大致参考。在确定审计风险和决定取证数量时，应保持审慎，留有余地，因为这些评估结果具有相对性。审计计划的编制和评价应考虑到这种不确定性。

其次，审计风险决策模型通常基于计划，具有一定的稳定性，这在处理不断变化的审计项目时可能会产生限制。审计实践不应死守原有模型，而应根据项目的实际变化动态调整。例如，审计师原本基于检查风险10%、终极风险4%、固定风险80%和控制风险50%的模型制定计划。然而，若发现客户内部控制系统失效，评估为100%，检查风险应重新计算为5%（即4%除以80%乘以100%）。这意味着审计计划需要相应调整，增加审计工作量和取证数量，以确保审计质量与效率的达成。