二者各有特点，主要区别是，学校历史不同、学校属性不同、主要奖项不同，具体如下：

一、学校历史不同

1、无锡市第三高级中学

无锡市第三高级中学，前身主体为无锡市第三中学，无锡市第三中学前身为私立无锡中学，创办历史最早可追溯到公元1920年。2000年7月，无锡市第三高级中学由无锡市第三中学与无锡市中山高中(原市八中，校址在近代无锡教育渊薮之地的“孔庙学宫”)合并组建。2001年5月，建成江苏省重点中学。2006年7月，晋升为江苏省四星级高中。2009年7月，实施易地扩建。2010年，整体搬迁至无锡市新区。

2、无锡市第六高级中学

学校前身为创办于1941年的“念春小学”，1943年并入育英初中班，更名为“念春中小学”1956年改名为“无锡市第六中学”并增设高中部，成为全日制完全中学。2002年正式更名为“无锡市第六高级中学”。

二、学校属性不同

1、无锡市第三高级中学

江苏省重点中学。

2、无锡市第六高级中学

高级中学。

三、主要奖项不同

1、无锡市第三高级中学

全国18岁成人仪式教育活动优秀组织单位、江苏省德育先进学校、江苏省“贯彻落实体育、卫生两个《条例》”优秀学校。

2、无锡市第六高级中学

“江苏省教育先进单位”、“先进基层党组织”。

参考资料来源：百度百科-无锡市第三高级中学

参考资料来源：百度百科-无锡市第六高级中学