2003年初，学校被评为福州市首批A级民办中学。

2005年学校被福州市教育局授予“福州市素质教育先进学校”荣誉称号；被福建省民办教育协会、福建省中小学幼儿教师奖励基金会授予“福建省民办教育先进单位”荣誉称号；荣获“福州市民办教育‘A级’学校”荣誉称号。2008年、2009年，福州市中考状元均来自福州三牧中学。2014年，福州市中考前六全部来自三牧，前十名中三牧占了八席。