通州区食品药品监督管理局设有多个内设机构，以确保高效地履行职责和管理任务。

首先，综合办公室是全局的协调中心，负责日常政务的综合协调，包括文书档案管理、行政事务处理、信息宣传、教育培训、资产财务、干部人事管理和行政执法监督。他们还负责行政处罚案件的审核，以及行政诉讼应诉，主持行政处罚听证。此外，他们还协助实施医药从业人员的职业资格制度，并处理局机关及直属单位的党群工作。

食品安全协调监察科主要负责执行和监督国家、省、市关于食品、保健品和化妆品的监管法规。他们协调食品安全管理工作，上报或发布区域内食品重大安全事故调查处理情况，组织专项执法监督活动，并在紧急情况下协调应急救援。同时，他们还承担象山县食品安全委员会办公室的日常工作。

药品监督管理科根据相关法律、法规，负责对区域内药品、药用辅料、包装材料的生产和使用进行日常监管，确保药品质量的合规性。

医疗器械监督管理科则针对医疗器械，依据法规和委托，进行研制、生产和使用的日常监督管理，保障医疗器械市场的安全。

最后，稽查大队承担着重要的监察稽查任务，负责全县药品和医疗器械的质量监督抽查，处理举报投诉，组织专项执法检查，并在需要时参与跨地区重大案件的查处，以及食品、保健品、化妆品安全监察的相关工作。