计算机科学与技术下设的二级学科主要包括计算机系统结构、计算机软件与理论和计算机应用技术。

首先，计算机系统结构这一二级学科，主要研究计算机系统的设计和实现技术。它涉及计算机系统中软件与硬件的功能匹配，以及计算机系统的物理实现方法等方面。例如，该学科会研究如何合理地将各种部件和设备组成计算机系统，以满足应用对性能、功耗、可靠性等方面的要求。此外，计算机网络的设计与实现，以及网络环境下信息系统安全也是该学科的重要研究内容。

其次，计算机软件与理论二级学科，主要研究计算机软件的基础理论和应用软件的开发、维护与管理。这包括操作系统、数据库、程序语言与编译等计算机软件专业方面的基础领域，以及软件工程的理论和实践。例如，该学科会探索软件过程建模、需求工程、软件测试等软件工程的关键环节，以提高软件开发的效率和质量。

最后，计算机应用技术二级学科，则专注于研究计算机在各领域信息系统应用中的基本原理、共性技术和方法。这包括计算机对数值、文字、声音、图形、图像等信息的处理技术和方法，以及将信息转化为知识的一般方法和共性技术。该学科的目标是在应用领域充分发挥计算机处理和管理信息的能力，以提高效率和品质，促进社会进步与发展。例如，多媒体信息处理、人工智能、信息安全以及通信相关方向等，都是该学科的重要研究领域。

总的来说，计算机科学与技术下设的这三个二级学科各有侧重，共同构成了计算机科学与技术这一一级学科的完整框架。