由于疾病病因不同，产生的症状也有所不同，主要表现为多的是胃食管反流病，以烧心，反流为最典型常见的症状，包括胸痛，烧心，剑突下和胸骨后的烧灼感，由胸骨下段向上延伸。烧心和反流反复发作，胸痛可以有剧烈的疼痛，刺痛，酷似心绞痛。另外还有吞咽困难，出血，甚至食管穿孔。

食管粘膜损伤的病因很多，包括胃食管反流病，食管炎症和感染性疾病，比如嗜酸细胞性食管炎，食管梅毒，放射性食管炎，腐蚀性食管炎，霉菌性食管炎，食管结核等。