赤峰市地方税务局的内设机构分工明确，确保了高效运行。其主要部门包括：

1. 办公室：负责机关日常工作的协助与协调，包括会议组织、文件处理、档案管理、机要保密、综合调研、信息宣传以及后勤保障等工作。

2. 人事教育科：负责人事、编制、劳动工资、专业技术职务管理，科级以下干部的考核任免，离退休人员管理，教育培训计划制定与实施，先进评选和队伍建设，以及人事信息化和档案管理工作。

3. 财务装备科：负责系统内的经费、财务及装备管理，包括国有资产管理和财务监督审计。

4. 税收政策法制科：负责地方性税收的税政业务，执行法规监督，政策调研，纠纷处理，以及税务法律事务和诉讼工作。

5. 税收管理科：负责综合性税收管理法规的执行，研究和制定征管制度，税务登记管理，协税护税，发票管理，指导个体税收和市场征管，以及税收信息化建设。

6. 计划会计统计征收科：负责税源调查、税收计划编制、税款征收和管理，统计分析，以及与社保费相关的各项工作。

7. 农牧业税收管理局：专责农业、牧业相关税收的政策执行和征收管理，包括法规监督和问题处理。

8. 社会保险费征收管理科：负责社会保险费的征缴管理，制定征管制度，宣传政策，处理执行中问题，并与其他部门协调。

9. 监察室：负责行政监察工作，调查违法违纪行为，受理申诉和举报，推动廉洁从政，并指导旗县区税务局的监察工作。

10. 机关党委：负责市局机关党务工作、党员管理和精神文明建设，接受直属机关工委的指导。

11. 地税信息中心：负责税务信息的收集管理，以及网络维护和软件开发。

12. 地税培训中心：负责科级以下公务员的培训，同时兼顾税收科研事务。

此外，税务局还设有自治区地方税务局纪检组派驻的纪检组，与监察室共同办公，实行双重领导体制。