南充科技职业学院拥有多个二级学院，其中包括医学院、教育学院、经济管理学院、消防救援学院、智能制造学院、马克思主义学院、电子信息学院（中国高科产业学院）以及继续教育学院。

医学院致力于培养医学领域的专业人才，提供各种医学相关课程，涵盖基础医学、临床医学、预防医学等多个专业方向。教育学院则专注于教育理论与实践的研究与培养，提供教育管理、学科教学、教育技术等专业教育。经济管理学院则着重于经济、管理学科的教育，培养商科、金融、市场营销、企业管理等领域的专业人才。

消防救援学院则专为消防救援系统输送专业人才，设置有消防工程、消防技术、消防管理等专业，旨在培养具备专业技能和应急处理能力的消防救援人员。智能制造学院则侧重于智能制造技术的教育与研究，包括自动化控制、机器人技术、机械设计等多个方向，培养智能制造领域的专业人才。

马克思主义学院致力于马克思主义理论的研究与传播，培养具有坚定理想信念、全面发展的社会主义建设者和接班人。电子信息学院（中国高科产业学院）则专注于电子信息工程、计算机科学、物联网等领域的教育与研究，推动科技创新和产业发展。继续教育学院则面向在职人员和成人教育需求，提供各类继续教育和培训课程。

通过这些二级学院，南充科技职业学院为学生提供了广泛的专业选择和发展机会，旨在培养具有专业技能、创新能力和国际视野的高素质人才，以适应社会经济发展的需求。