运输部门会计涉及的科目包括：运输收入、运输支出、运输成本、车辆费用、员工薪酬等。

一、运输收入科目

运输收入是运输部门会计的核心科目之一。这一科目主要记录运输企业所提供的服务所得到的收入，包括货物或乘客的运输费用。这部分收入是运输企业主要的盈利来源，因此在会计记录中占据重要地位。

二、运输支出科目

运输支出科目主要涵盖与运输业务直接相关的各项费用，如燃料费、维修费、折旧费、保险费等。这些支出是运输企业运营过程中不可避免的开支，需要详细记录并进行合理的管理和控制。

三、运输成本科目

运输成本科目涉及运输过程中产生的直接和间接成本。直接成本如驾驶员薪酬、车辆运行费用等；间接成本如管理费用、办公费用等。对运输成本进行准确的核算和分析，有助于企业了解运营成本结构，优化资源配置。

四、车辆费用科目

车辆费用是运输部门会计中的重要科目，包括车辆的购置、保养、维修、保险及燃油费用等。这些费用直接影响到企业的运营成本，需要进行细致的记录和管理。

五、员工薪酬科目

在运输部门会计中，员工薪酬也是一个重要科目。包括驾驶员、操作员和其他员工的工资、福利及相关社保费用等。合理核算和支付员工薪酬，对于保障企业运营效率和员工积极性具有重要意义。

综上所述，运输部门会计涉及的科目广泛，包括收入、支出、成本、车辆费用及员工薪酬等多个方面。对这些科目进行准确核算和管理，有助于运输企业了解运营状况，提升经济效益。