6所。根据查询天气网得知，南京军事院校有6所，分别是：中国人民解放军陆军指挥学院、中国人民解放军海军指挥学院、中国人民解放军陆军工程大学、中国人民解放军国防大学政治学院、中国人民解放军国防科技大学南京校区、中国人民解放军陆军炮兵防空兵学院南京校区。