两者区别主要在于：组织架构不同、所获荣誉不同、起源不同。

1、组织架构不同：航天科技集团直属单位有中国航天标准化研究院、中国宇航出版有限责任公司、航天档案馆、航天通信中心、中国宇航学会、中国航天报社、航天人才开发交流中心；中国航天科工集团公司直属单位有中国航天科工信息技术研究院、中国航天科工防御技术研究院、中国航天科工飞航技术研究院、中国航天科工运载技术研究院、中国航天科工动力技术研究院等。

2、所获荣誉不同：航天科技集团2018《财富》世界500强，中国航天科技集团有限公司排名343位，2019《财富》世界500强排名323位；航天科工集团2018年世界品牌实验室2018世界品牌500强》中国航天科工排名第398，2019《财富》世界500强，排名322位。

3、起源不同：航天科技集团成立于1999年7月1日，其前身源于1956年成立的我国国防部第五研究院，曾历经第七机械工业部、航天工业部、航空航天工业部和中国航天工业总公司的历史沿革；中国航天科工集团公司成立于1999年7月1日，为中央直接管理的国有特大型高科技企业。

参考资料来源：百度百科-航天科技集团

参考资料来源：百度百科-中国航天科工集团公司