自主招生的研究生国家承认。

根据教育部发布的《关于研究生招生工作的若干规定》，自主招生是指高校根据自身特点和需求，自主组织招生考试、选拔和录取研究生的一种招生方式。自主招生的研究生在国家层面上是被承认的，原因是教育部允许高校自主招生，并且对自主招生的研究生进行了相应的管理和监督。