运输公司的进项专用发票主要来源于多种经营活动中产生的费用。这些费用包括购买运输车辆、购买燃料、购买办公用品以及支付服务费用等。交易对方通常会提供这些发票，例如车辆销售公司、燃料供应商、办公用品供应商和服务提供商等。此外，运输公司还可以通过个人旅客购票等方式获取进项专用发票。这些发票构成了公司经营成本的重要部分，能够用于抵扣增值税，降低税负，提高企业的经济效益。

因此，运输公司必须及时、准确地收集和妥善保管这些专用发票。这对于后续的报销和税务申报至关重要。确保发票的真实性和完整性，避免因发票问题导致的税务风险，是运输公司财务管理的关键环节。

运输公司应建立健全的发票管理制度，确保发票的合规性。这包括制定详细的发票处理流程，规范发票的收集、审核和存档过程，确保发票的真实性和合法性。同时，公司还需定期进行内部审核，检查发票的真实性，及时发现并纠正可能存在的问题，以确保发票的准确性和有效性。

在实际操作中，运输公司还应注意发票的保存期限，确保发票在保存期内不会丢失或损坏。此外，公司还应定期进行税务申报，确保发票信息准确无误。只有这样，运输公司才能充分利用进项专用发票的优势，降低税负，提高企业效益。

为了进一步提高企业的税务管理水平，运输公司还可以引入信息化手段，如使用专业的发票管理系统，实现发票的电子化管理。这不仅可以提高发票管理的效率，还可以减少人工操作带来的错误，确保发票管理的准确性和及时性。

总之，运输公司需要高度重视进项专用发票的管理和使用，建立健全的发票管理制度，确保发票的真实性和有效性，充分利用发票的优势，降低税负，提高企业的经济效益。