自考毕业证上通常会盖有多种印章，具体包括：

首先，学校盖章是必不可少的。自考本科毕业生需前往所在学校的学籍办公室或教务处完成毕业手续，领取毕业证书和学位证书。学校会在这些证书上盖章，以证明学生的学业完成情况。

其次，教育部学历证书电子注册备案章也是重要的一环。自考本科毕业生的学历证书需要经过电子注册备案，才能确保其真实性和有效性。在领取学历证书时，毕业生需办理电子注册备案手续，教育部会在证书上盖章。

另外，如果自考本科毕业生获得了学位，那么还需要办理学位证书的电子注册备案。教育部会在这个证书上盖上相应的印章，以确认学位的有效性。

最后，省级教育行政部门也会在自考本科毕业生的学历证书上盖上学历证书备案章。毕业生需要将证书送至所在省份的教育行政部门进行备案，以确保证书的真实性和合法性。

这些印章的存在不仅体现了证书的合法性和权威性，也确保了教育部门对自考生的严格管理。

综上所述，自考毕业证上通常会盖有学校盖章、教育部学历证书电子注册备案章、教育部学位证书电子注册备案章以及省级教育行政部门学历证书备案章，以确保证书的真实性和合法性。