藤县国家税务局设有多个内设机构，其中常规机构包括：正股级的办公室、政策法规股、税源管理股、收入核算股、纳税服务股（含办税服务厅）、征收管理股、人事教育股和监察室。特殊情况下，可增设1-2个税源管理股，级别相同。具体职责如下：

1. 办公室：负责年度工作计划制定、日常政务处理、文件起草审核、督查督办、综合性会议组织、秘书事务、财务后勤保障以及机关行政事务等，包括接待、采购和政务公开。

2. 政策法规股：负责税政业务、增值税发票管理、进出口税收政策监督、税收协议执行、税收执法检查、税收政策调研和税务行政诉讼等工作。

3. 税源管理股：负责税源监控、纳税人分类管理、税务登记调查、税源预测分析、重点税源跟踪和纳税评估等，还包括个体和集贸市场税收征管。

4. 收入核算股：负责税收计划编制、税收收入分析、税款征收监督、税收会计统计和数据管理，以及税收收入信息发布。

5. 纳税服务股（办税服务厅）：负责纳税服务规范、权益保障、辅导咨询、投诉处理和税法宣传，处理各类涉税事项。

6. 征收管理股：执行税收征管法规，负责欠缴税款管理、纳税评估、税务登记管理、金税工程等工作，以及征管质量考核。

7. 人事教育股：负责人事管理、教育培训、离退休干部管理、思想政治工作和税务文化建设等。

8. 监察室：负责党的纪律检查、行政监察、廉政建设和案件查处，受理举报。

机关党办主要负责党群工作、党建工作、精神文明建设和人员思想政治工作等。