呼和浩特职业学院提供了丰富多样的专业选择，满足不同领域的学习需求。以下是学院主要院系及其特色专业:

生物化学工程学院的重点专业包括应用化工技术、食品生物技术，以及环境监测与治理和工业分析与检验。此外，还有园艺技术专业和生物技术及应用专业。

机电工程学院设有汽车电子技术、汽车检测与维修、机电一体化技术、电子信息工程技术以及电气自动化技术等专业。

计算机信息学院提供计算机网络系统管理专业，致力于培养学生在信息技术领域的技能。

建筑工程学院涉及建筑工程技术、工程造价、道路桥梁工程技术以及建筑装饰工程技术，关注建筑行业的实际操作与管理。

人文旅游学院涵盖旅游管理、语文教育、酒店管理等，致力于旅游业的人才培养。美术与传媒学院则设有电脑设计、美术教育、新闻采编和主持与播音专业。

经济管理与法学院是学院中专业最为全面的院系，包括会计电算化、物流管理、工商管理、国际经济与贸易、市场营销（连锁经营方向）和法律事务等。

最后，外语学院提供大学英语、商务英语、英语教育等外语专业，满足国际化的语言学习需求。铁道学院则专注于铁路相关专业，如铁路机车车辆、铁道通信信号、电气化铁道技术和铁道交通运营管理等。