物流公司的会计账务处理如下：

1、收到运输费用时，应将其记录在公司的主营业收入项下。具体账务处理如下：

贷：主营业收入

2、在支付运输费用时，应从公司的库存现金中扣除相应的费用。其账务处理如下：

贷：库存现金

3、为确保公司运营的合规性和经济性，需要在一定时期内计提各类税费。这一过程涉及多个税种，包括但不限于：

借：营业税金及附加-营业税、城建税、教育费附加、地方教育费附加

通过上述步骤，物流公司可以清晰、准确地记录其运输业务的财务状况，同时确保合法合规地履行税务义务。这不仅有助于公司实现财务透明，还能有效地进行成本管理和风险控制。在日常运营中，确保会计账务处理的规范性和准确性对于维护公司财务健康、促进其长期稳定发展至关重要。