崇州市国家税务局内部设立10个行政机构，分别为办公室、政策法规科、征收管理科、人事教育科、监察室、计划征收科，机关党办、税源管理一科、税源管理二科、税源管理三科。以下为各科室具体职责：

办公室负责制定年度工作计划、有关工作制度，处理日常政务，起草和审核文件报告，组织会议，秘书事务，文电处理，政务调研等行政事务。同时，办公室负责税收宣传、新闻发布，办公自动化推广应用，固定资产和财务管理。

政策法规科负责税收政策法规的宣传与执行，监督税收执法情况，制定具体管理办法，审核税收优惠政策，处理涉税法律事务，实施增值税、消费税等税种的征收管理，处理税种的具体业务问题，组织实施纳税评估、税源管理等办法。

征收管理科研究制定税源管理与征收管理措施，负责税务登记、纳税申报、税款征收等管理工作，组织对征管质量的综合考核，推广征管软件，组织纳税服务工作。

人事教育科负责干部任免、人员调配、劳动工资、专业技术职务管理，教育培训、干部监督，承担离退休干部服务管理工作。

监察室负责党风廉政建设与反腐败工作，处理干部信访举报、违法违纪案件，执法监察与纠风工作。

纳税服务科（办税服务厅）与收入核算科共同工作，制定税款征收管理办法，承担税收会计、统计与数据分析工作，受理税务登记、纳税申报，税款征收，发票管理，纳税服务，政策宣传与咨询，违规行为处理等。

税源管理一科负责崇阳镇城区所有一般纳税人和全市中外合资、外商投资企业税源管理，实行分类管理与服务，负责税务登记、纳税申报调查核实、重点税源管理跟踪监控、纳税辅导、日常检查等。

税源管理二科负责工业集中发展区、崇阳镇、羊马镇、道明镇、济协乡的纳税人管理，实行分类管理，负责税务登记、税源预测分析、重点税源管理跟踪监控、纳税服务、日常检查等。

税源管理三科负责崇阳镇的个体工商业户、王场镇、隆兴镇、白头镇、集贤乡的纳税人管理，实行分类管理，负责税务登记、税源预测、重点税源管理跟踪监控、纳税服务、日常检查等。

机关党委办公室负责思想政治工作、党群工作，承担入党积极分子教育考察工作，发展党员工作，工会、共青团、妇委会等组织工作。