不是所有的发票都可以抵扣的。

员工因公出差，所发生的住宿费用取得增值税专用发票，在计算增值税时可以抵扣进项税额；所发生的公共交通费用，比如公路、铁路、民航等，可以凭有本人姓名的发票或者机票，计算抵扣进项税额。相关费用可以进入成本费用在计算所得税时税前扣除。

所发生的差旅补贴，比如误餐补贴、交通补贴，在合理范围内的，可以进入成本费用，在计算所得税时税前扣除。