南京大学商学院拥有悠久的历史和丰富的学科设置。其经济学科和管理学科的起源可以追溯到1902年的三江师范学堂时期。在1952年的中国大学院系调整中，南京大学的经济学科和管理学科被调整到了其他院校。直到1978年，南京大学重新恢复了经济学系，并在1986年成立了管理学系。1988年，南京大学进一步成立了国际商学院，2000年更名为商学院。

在专业设置方面，经济学院包含经济学系、国际经济贸易系、金融与保险学系和产业经济学系四个系，以及人口研究所。经济学系开设了经济学和财政学两个专业；国际经济贸易系则提供了国际贸易、国际贸易、世界经济和国际商务四个专业；金融与保险学系则涵盖了金融学、金融工程和保险学三个专业。

管理学院设有工商管理系、会计学系、营销与电子商务系和人力资源管理学系四个系。工商管理系的专业包括工商管理和企业管理；会计学系则开设了会计学和财务管理两个专业；营销与电子商务系则提供了电子商务和市场营销两个专业；人力资源管理学系则专注于工商管理（人力资源管理方向）。

除此之外，南京大学商学院还积极与荷兰马斯特里赫特管理学院、美国康奈尔大学、约翰·霍普金斯大学、密苏里大学以及德国哥廷根大学等国际知名学府展开合作，共同培养具有国际视野和卓越管理能力的人才。

南京大学商学院不仅注重学术研究，还致力于与国际一流学府建立广泛的合作关系，共同培养优秀的国际化管理人才，提升学院的国际影响力。