南京事业单位主要包括以下几大类：

1. 教育类事业单位：如南京市教育局及其下属的各个学校，包括中小学和高等院校。这些学校承担着培养人才的使命，是南京教育事业的重要组成部分。此外，还有一些专门的职业技术学院和成人教育学校也隶属于这一类事业单位。

2. 医疗卫生类事业单位：包括南京市各大医院和社区卫生服务中心等。这些医疗机构负责为市民提供医疗服务和健康保障，是城市医疗卫生体系的核心组成部分。南京市著名的医院如南京市第一医院、南京市中医院等都属于此类事业单位。

3. 文化类事业单位：例如南京市博物馆、图书馆、美术馆等文化机构。这些单位致力于传承和弘扬南京地区的文化特色，提高市民的文化素养。南京市还有许多文化艺术团体和电影机构，也都属于这一类事业单位。

除了上述三大类之外，南京还有其他一些事业单位，如城市规划、环境保护、市政设施管理等机构。这些单位共同构成了南京市的公共服务体系，为市民提供了多方面的公共服务与支持。每一个单位在自身领域都有其独特的工作内容和职能，共同构建了一个强大且丰富的公共事业系统。