焦作市食品药品监督管理局根据其职责设立了九个内设机构，分工明确，确保职能高效运行。

(一) 办公室（行政事项服务科）：负责综合会议组织、文秘、宣传、信息管理、档案、督办查办、保密、计划生育、机关服务以及系统信息化建设等工作。同时，处理来信来访、综合治理和安全保卫事务，并负责人大代表建议和政协提案的办理。

(二) 政策法规科：主要负责食品药品监管规范性文件的起草、审核，政务公开、行政执法监督，行政复议、应诉、听证以及赔偿等工作，并指导县（市）区的法制建设。

(三) 餐饮服务监管科：负责餐饮服务许可和食品安全监督，监督实施相关规范，调查监测食品安全状况，发布相关信息，查处违法行为，并处理食品安全事故。

(四) 保健食品与化妆品监管科：监督实施相关标准和技术规范，管理保健食品和化妆品的卫生，监督生产经营规范，并监管检验检测机构。

(五) 药品安全监管科：执行国家药品标准，管理药品和包装材料质量，实施药品分类和不良反应监测，负责药品生产企业、医疗机构制剂等许可的监督，以及特定药品的生产和使用管理。

(六) 药品流通监管科：监督药品经营质量管理，管理中药材市场，负责药品经营许可，农村药品监督网建设，负责药品广告监管和互联网药品交易行为监督。

(七) 医疗器械科：确保医疗器械产品质量，承担医疗器械广告监测，负责第一类医疗器械注册和日常监管，组织不良事件监测。

(八) 人事科：负责机构编制和人事管理，制定干部培训计划，负责党群工作和离退休干部工作。

(九) 财务科：负责机关和直属单位的财务、资产管理，编制预算和监督执行，指导县（市）区收费工作，负责内部审计和专项统计，管理专项经费。