余杭区共有15所初中，包括：

1. 余杭塘栖二中

2. 余杭临平第一中学

3. 余杭临平第三中学

4. 余杭树兰实验学校

5. 余杭小林中学

6. 余杭乾元中学

7. 余杭双林中学

8. 余杭南苑中学

9. 余杭信达外国语学校

10. 余杭星桥中学

11. 余杭乔司镇中学

12. 余杭区少林武术学校

13. 余杭运河镇博陆中学

14. 余杭运河镇五杭中学

15. 余杭运河镇亭趾实验学校

其中，余杭临平第一中学成立于1978年，位于余杭区南苑街道南苑街501号，校园占地121.73亩，建筑面积4.9万平方米，设施先进全面多媒体化，致力于成为区内领先、市内知名的现代化、示范性初中名校。

余杭临平第三中学成立于1994年，位于梅堰小区，校园占地面积40亩，建筑面积15000平方米，总投资2000多万元，内部设施先进，包括校园网、闭路电视系统、智能广播系统、多媒体微机房等教学设施。学校绿化优美、环境幽雅，是余杭区首批花园式学校。

余杭运河镇亭趾实验学校是余杭区的另一所初中，提供优质的教育资源，致力于培养学生的全面能力。