成都农业职业技术学院专业设置科学，紧密对接成都产业发展需求。学院下设机电工程系、交通运输系、车辆工程系、物流工程系等八个系，覆盖多个学科领域。

在高职教育层次，学院已开设物流管理、报关与国际货运、机械制造与自动化、铁道车辆、铁道信号、铁道交通运营管理、铁道工程技术、建筑工程技术、汽车整形技术、汽车检测与维修、楼宇自动化技术、会计、保险、建筑装饰工程技术、工业机器人、焊接技术、城市轨道交通运营管理、汽车装配与制造技术、移动应用开发等19个专业。这些专业旨在培养适应区域经济发展需要的高端技术技能型人才，为二产类产业提供人才支持。

在中职教育层次，学院则开设了汽车检测与维修、会计电算化、机电一体化、数控、模具、工程机械等专业，旨在培养一线工作的高素质劳动者和中、初级专门人才。

为了更好地服务成都产业发展，学院计划构建现代物流专业、装备制造专业、轨道交通专业、汽车工程专业、建筑工程专业等七大专业集群，进一步优化专业结构，推动学科建设与成都产业发展的深度融合，为成都乃至周边区域的经济发展培养更多高质量的技术技能人才。