青岛港湾职业技术学院共建有港口机械系、交通运输管理系、信息工程系、航海系、电气工程系、物流管理系、机械工程系、轮机工程系等8个教学系。

比较好的系有：港口机械系、电气工程系、轮机工程系。比较好的专业如下：

1、国家级重点专业：港口电气技术、港口机械应用技术、港口业务管理、轮机工程技术、港口工程技术、航海技术、电气自动化技术、物流管理

2、省级特色专业：港口电气技术、港口机械应用技术、港口、业务管理、轮机工程技术、港口工程技术、航海技术、数控技术

3、省级示范专业：港口电气技术、港口业务管理、数控技术

4、青岛市重点专业：物流管理、机械制造与自动化、船舶电气工程技术、国际贸易实务