一、性质不同

1、鞭毛：长在某些细菌有机体上生长的一种细长的、弯曲的活动蛋白丝。

2、菌毛：革兰氏阴性菌表面密被短而直的丝状结构，电镜下可见。有很多头发。每个细菌都有100-500根毛发。

二、化学性质不同

1、鞭毛化学性质：抗原性强，可用于细菌的鉴定和分型。

2、菌毛化学性质：蛋白，具有抗原性，可被胰蛋白酶或其他蛋白酶降解。

三、主要类型不同

1、鞭毛主要类型：

（1）古菌鞭毛。

（2）细菌鞭毛。

（3）真核生物鞭毛。

2、菌毛主要类型：

（1）普通菌毛。

（2）性菌毛。

参考资料来源：百度百科-菌毛

参考资料来源：百度百科-鞭毛