深圳第二高级技工学校的专业设置丰富多样，学校分为九个系部，分别是汽车技术系、电气技术系、信息管理系、工业自动化系、机械技术系、应用设计系、视光技术系、健康管理系以及专门负责职业素质培养的职业素质训练部。

学校设有23个专业供学生选择，涵盖了汽车营销、物流管理、管理信息化应用等实用性极强的课程，如智能楼宇技术与管理，电子与信息技术，以及光电子技术与运用等前沿领域。此外，还有市场运营管理、自动化设备应用与维护、计算机控制技术应用、数控技术、模具技术等专业，满足了不同行业的需求。

对于对设计和创意有兴趣的学生，学校提供家居产品设计与展示、新媒体与互联网应用等专业，培养创新思维。生物实用技术、营养与食品工艺则关注健康与食品行业的发展，眼视光技术和眼镜设计与营销则致力于视力健康与相关产业的教育。车身修复工程、商品流通管理、电子商务和家具设计与制造技术则涵盖了制造业和流通业的各个环节。

对于不同学历背景的学生，学校提供了两种学制。初中毕业生可以选择5年制的高级技工班，而高中毕业生则可以选择3年制的高级技工班，以适应他们的学习进度和职业规划。