扬州市环境保护局根据其职责，设立了九个职能处室，均为正科级建制。这些处室分工明确，各司其职，以确保环保工作的高效运行。

首先，办公室负责机关的日常运转，包括文电处理、会务协调、机要事务和档案管理等。同时，它还承担政务协调、安全保密、后勤事务以及机构编制、人事管理和干部双重管理工作。此外，还负责环保系统干部的教育培训和离退休干部的管理工作。

法制宣教处则负责环境保护的法规制定和执行监督，包括文件合法性审核、行政处罚、行政复议等。他们负责环保宣传教育，推动生态文明建设和环境友好型社会的建设，并负责政务公开和信息管理工作。

规划财务处主要负责编制环境规划，管理环保专项资金，进行财务和资产管理，监督环保项目执行，并组织环境监测和信息管理工作。他们负责环境状况的发布和环境质量的调查评估。

在科技标准方面，科技标准处负责环境保护科技规划，推动新技术示范和环保产业的发展，参与国际环境保护合作和交流。

对于环境影响，环境影响评价处负责规划环境影响评价，建设项目管理和审批，以及环保监督工作。他们还负责重大项目的服务跟踪和行政办事服务窗口接待。

污染物排放总量控制处负责总量控制和排污许可证的制定和实施，负责环境统计和污染源普查，以及排污权交易。

在污染防治方面，污染防治处制定和执行污染防治制度，监督各类污染源的管理，包括水体、大气、土壤等污染的防治工作。

核与辐射安全监督管理处主要负责核与辐射安全的管理，包括许可证发放、放射性废物管理和应急响应。

最后，自然生态保护处负责自然生态保护规范的制定和监督，生物多样性的保护，以及农村和小城镇生态环境的指导。

此外，局内还设有机关党组织、纪检监察和群团机构，以确保工作的全面监督和管理。