环境影响评价工程师需要掌握的基本技能包括对Linux系统的理解与使用，例如熟悉Linux文件系统标准FHS，以及入门级的Linux书籍推荐。个人认为鸟哥的《鸟哥的Linux私房菜.基础学习篇》是一本很好的入门书籍，书中详细介绍了基本操作命令和至少一个内置编辑器的使用方法，如vi和nano，并建议熟悉至少一个发行版，例如CentOS、Debian或Ubuntu，可以了解多个常用发行版。

运维相关的命令和工具也是必备技能，如运维相关的工具和命令能够帮助解决很多问题。个人会记录和整理平时用到的工具，总结到个人维基上，例如Nagios、Puppet、Zabbix和Cacti等运维平台工具。可以本地搭建LAMP或LNMP等基础服务进行练习，鸟哥的另一本书《鸟哥的Linux私房菜(服务器架设篇)》推荐。

脚本编写能力也是关键技能之一，建议掌握Shell脚本，并额外学习Python或Perl等脚本语言。了解底层的LinuxC编程知识，熟悉Linux内核，深入理解TCP/IP协议和熟练使用tcpdump等抓包工具。

硬件知识也是重要的一环，了解各种服务器的接口类型，包括塔式、机架式和刀片式服务器等。

环境影响评价工程师还需要具备良好的沟通能力，能够在系统出现问题时与项目人员迅速沟通，快速解决问题，而非推卸责任。与各部门建立良好的合作关系，出现问题时能够互相帮助。

此外，环境影响评价工程师应掌握一定的安全知识，包括防火墙配置等。