秭归县地方税务局的内部机构设有六个主要部分:

1. 办公室: 负责日常政务处理，包括公文起草、会议组织、秘书事务、税收研究、文书档案管理、电文处理、信访保密、税收宣传等。此外，它还承担局内的思想政治工作、人事管理、教育培训、内部行政事务、物业及车辆管理，以及后勤保障、系统综合治理、扶贫帮困等职责。同时，办公室还负责党务、退休干部管理、系统文明创建和群团工作。

2. 监察考评科: 负责全局的纪律检查和行政监察，包括工作监督、检查、督办、考核、评价以及过错责任追究。该科负责受理各类检举和申诉，调查处理违规违纪行为，并承担党风廉政建设工作。

3. 税费服务科: 主要负责制定税费政策法规和具体实施办法，编制税收计划、分解任务并上报报表。它还负责减免税的审核、重大税务案件审理、税务行政复议和诉讼、行政处罚，以及税费申报、征收、解缴和入库等事务。此外，税费服务科还负责税务登记、计算机运用推广、网络维护和税收政策咨询工作。

4. 税费管理一科: 管理全县除交通运输、矿山资源、房地产和建筑安装行业之外的税费事务。

5. 税费管理二科: 专门负责全县交通运输、矿山资源、房地产和建筑安装行业的税费管理工作。

6. 稽查局: 负责地税稽查工作，确保税法的执行和监管。