学校现有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、继续教育学院（职业技术学院）、管理学院、口腔医学院、马克思主义学院、国际教育学院、麻醉学院、医学影像学院、儿科医学院、外语系、精神卫生学系、体育教学部（运动康复系）、计算机教学部、临床技能教学模拟医院、第六临床医学院、第七临床医学院、第八临床医学院、第九临床医学院、第十临床医学院、第十一临床医学院、第十五临床医学院、精神卫生学院、晋祠学院32个教学机构。