阜阳市卫生局卫生监督局设有多个部门，每个部门承担特定的职责：

办公室：</

负责党务、人事、行政事务，包括财务管理、绩效考核、档案管理和离退休职工管理。协助所长安排会议，处理文件和督办工作，负责安全生产、计划生育等。

负责卫生监督信息的审核、上报和宣传工作，处理群众投诉举报，卫生执法文书管理，卫生员培训和法制工作。

监督一科：</

职业卫生监督：监督有毒有害作业场所、职业健康管理和中毒事故调查处理。

放射卫生监督：监督放射防护和许可，参与放射事故调查，查处违规行为。

学校卫生监督：监督学校卫生和传染病防治，查处违规行为。

监督二科：</

公共场所卫生监督：监管7类公共场所的卫生，查处违规行为。

饮用水卫生监督：监督供水单位和产品，查处违规行为。

监督三科：</

医疗市场监督：依据相关法律法规，监管医疗机构和母婴保健机构，执行医疗废物管理等。

传染病监督：负责传染病预防、监测、控制，消毒产品卫生执法，学校卫生监督。

稽查科：</

负责卫生政策法规宣传培训，协助行政处罚，案件办理和投诉举报处理。

证照科：</

负责化妆品和消毒产品卫生监督，指导县市区卫生监督所工作。