当二级建造师注册证书不慎遗失时，需要按照一系列步骤进行补办。首先，您需在省级或更高级别的报刊上发布遗失声明，以确保信息的公开透明。接着，登录个人二级建造师注册系统进行在线申报，提交遗失情况说明。之后，由所在公司通过公司的二级建造师注册管理系统审核并同意您的补办申请。

接下来，从公司注册管理系统中下载并打印“遗失补办申请表”。随后，您需要携带相关材料前往县一级的主管部门进行审核。这些材料包括遗失补办申请表、省级及以上报刊的原件、身份证的原件及复印件。

在完成县一级主管部门的审核后，还需等待省级主管部门的批准。一旦获得所有必要的批准，您将根据主管部门的通知领取到补办的新证书。

整个补办过程中，务必确保所有文件齐全且信息准确无误，以提高补办效率。此外，及时关注各级主管部门的通知，确保每一步骤顺利进行。通过这些步骤，可以有效地完成二级建造师注册证书的遗失补办。