企业破产清算中的税收处理是关键问题。当企业因严重虚开发票需补缴1.04亿税款及滞纳金，且资不抵债时，税收债权与担保债权的优先级成为焦点。宁夏西部创业实业股份有限公司子公司宁夏大古物流有限公司案例显示，若企业因虚开发票导致无法清偿税款，其破产清算过程需遵循相关法规。

接受虚开发票的税务处理分为几种情况：受票方因他人虚开的发票被视为偷税，需要补缴税款及可能的罚款；善意取得的虚开发票只需补缴税款，无需滞纳金和罚款；取得虚开的发票则不能抵扣进项税额。大古物流案例中，税务机关要求补缴税款和滞纳金，但未涉及罚款，表明其可能不属于偷税或善意取得。

在破产程序中，税收优先权与有抵押担保债权的清偿顺序依据《税收征管法》和《企业破产法》存在差异。《企业破产法》中的规定优先于《税收征管法》的一般性规定，这意味着在大古物流的破产清算中，税收债权可能不享有优先受偿权，滞纳金作为普通债权参与分配。同时，只有在破产程序终结并结清税款、滞纳金和罚款后，企业才能办理注销登记。

尽管实践中可能存在对破产企业税收滞纳金核销的特殊情况，但通常要求企业在税务注销前结清相关债务，以遵循破产法的清理原则。因此，大古物流是否能在清偿部分税款后注销，需要根据具体法律规定和破产程序的进展来判断。