合作社如果需要申请免税，可以考虑申请农产品收购发票，这样就可以自行开具发票。对于需要开具增值税专用发票的一般纳税人，则需要向主管的国税局咨询具体的申请流程。初次申请时可能会遇到一些手续上的麻烦，但之后的操作会逐渐变得简单起来。

对于合作社来说，选择合适的发票类型至关重要。免税情况下，申请农产品收购发票是较为便捷的方式。而对于增值税一般纳税人，则需要了解并遵循相关的税务规定，以确保合规操作。

合作社在申请过程中，建议详细咨询主管国税局，了解具体的申请步骤和所需材料。初次申请时，可能会因为不熟悉流程而感到一些困难，但随着时间的推移，操作流程将变得更加熟练。此外，保持与国税局的良好沟通，有助于顺利完成申请过程。

在实际操作中，合作社应当密切关注税务政策的变化，确保自身在开具发票时遵守最新的法规要求。通过与主管国税局的积极沟通，可以更好地解决在申请过程中遇到的各种问题，从而确保合作社的税务管理工作顺利进行。

总之，合作社在开具发票时，应根据自身情况选择合适的发票类型，并遵循相关税务规定。通过与主管国税局保持良好沟通，可以确保顺利完成申请过程，从而有效管理税务事务。