可以的，不冲突

因为四六级考试每年都会有两次，6月和12月，而转本每年只有一次，是在四月份。如果考过了，到了本科院校还是会得到承认的，因为证书不是你所在学校的，而是国家承认的，这是全国统一的考试。所以过了六级其实可以不用考了，但是如果为了提高分数那也可以考的，学校是不会限制你的。