俺来回答：

不知道楼主指的税款是针对A公司的还是B大学的？

俺感觉这里面无论是A公司还是B大学都没有税款的问题呀。

对于这个业务，A公司付款，走账要走费用。没有税的事。

B大学，收到研究经费，因为B大学为事业单位，没有发票，只要开具行政事业单位专用收据即可，也不用上税呀。

除非是B大学的某个课题研究所或研究室，挂在B大学名下，但是是独立法人单位，独立核算，属于企业性质，那样，收的5W，就应该上税。

可是楼主似乎是站在A公司角度问的，要么就是俺的理解错误。

这样，1、A公司的账务处理：

在课题研究还未出成果时，做

借：其他应收款—某课题（B大学） 50000

贷：银行存款 50000

在课题已出了成果，结束后：

借：管理费用—科研费 50000

贷：其他应收款—某课题（B大学）50000