物流会计做账处理如下：

1、物流会计核算运输收入时，会计分录为：

借：银行存款

贷：主营业务收入——运输收入

应交税费——应交增值税（销项税额）

2、结转运输成本时，会计分录为：

借：主营业务成本

贷：应付职工薪酬

银行存款

物流会计做账时，需核算运输收入，结转运输成本，应当通过“主营业务收入”、“主营业务成本”等科目进行核算，相关税费计入“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。

主营业务收入，是指企业从事本行业生产经营活动所取得的营业收入。

主营业务成本，是指企业销售商品、提供劳务等经营性活动所发生的成本。