在进行报销时，发票联应当贴在报销单上，而增值税抵扣联则需交给财务部门，以确保财务能够进行正确的认证和抵扣进项税。通常，增值税专用发票包含三联：第一联为记账联，它是销售方记录销售额和销项税额的主要凭证。第二联为税款抵扣联，它是购货方计算进项税额的基础，购货方需按税务机关的要求，将此联按时间顺序编号并装订成册，作为备查文件提交给税务机关。第三联为发票联，它是收执方的付款或收款原始凭证，作为商事凭证，用于购货方的账目记录。

因此，为了确保财务流程的顺利进行，发票联和增值税抵扣联在提交报销时需分别处理。发票联应附在报销单上，作为报销凭证，而增值税抵扣联则需交给财务部门，以便进行税务认证和抵扣。购货方应当妥善保管增值税抵扣联，确保其整洁，并按照税务机关的要求进行归档。

值得注意的是，发票联作为商事凭证，是购买方的付款或收款原始凭证，因此在填写和保存时需特别注意其完整性和准确性。购货方应当将其作为账目记录的依据，以便日后核对和查证。

此外，为了确保财务报销流程的顺利进行，建议企业制定一套详细的报销流程和规范，明确发票联和增值税抵扣联的处理方式，以及相关的保管和归档要求。这不仅有助于提高报销效率，还能避免因发票联和增值税抵扣联处理不当而导致的税务风险。

最后，财务部门在收到增值税抵扣联后，应按照税务机关的规定进行认证和抵扣。购货方在保管增值税抵扣联时，也应确保其整洁、无损，并按照税务机关的要求进行归档和管理。这将有助于提高财务报销的准确性和效率，降低税务风险。