查询对方增值税发票是否认证的方法有：1、如对方已经申报了，企业在自己的税控系统会查询到，如果查询不到，可能就是认证不通过；2、企业拿本票认证确认一次；3、最直接的方法是询问对方该票是否已经申报纳税成功了。