企业银行存款函证存在多数无法函证问题的治理层沟通意见写法如下：

1、加强内部控制：建立更加完善的存款凭证审核机制，规范存款凭证的使用和管理流程，确保存款凭证的真实性和完整性。

2、增强培训力度：通过加强对员工持续性的培训，提高员工对存款凭证管理的认识和意识，减少存款凭证管理中的疏漏。

3、强化外部合作：与银行建立更加紧密的合作关系，减少无法函证问题的发生，同时也要引导银行对存款凭证进行更加有效的管理和控制。