增值税专用发票超过认定时间无法抵扣，因此必须将发票中的价格与税率合并后的金额视为成本进行入账。以不含税价格100元，税率17%为例，合计成本为117元。

具体操作如下：借记“原材料”科目，贷记“银行存款”科目，金额为117元。这样做，实际上将进项税额和销售价格合并作为成本处理，而不再考虑税额抵扣。

在实际操作中，企业需对超过认定时间的增值税专用发票进行正确的财务处理，将成本与费用合并入账，确保会计信息的准确性和合规性。这一步骤旨在反映企业真实的经济活动状况，避免因税务政策变化导致的财务风险。

需要注意的是，处理超过认定时间的增值税专用发票时，应确保与税务机关保持良好沟通，了解最新的政策指导和操作指南，以确保财务处理符合法律法规要求。同时，企业内部的财务管理和内部控制体系也应加强，以预防此类情况的发生，降低财务风险。

通过上述方法，企业可以正确处理超过认定时间的增值税专用发票，将其成本入账，为企业的财务健康和合规运营打下坚实基础。