日语为一种系统关系不明的孤立语言,仅与琉球语有明确的系统关系.关于其起源,现在有多种理论(假说):

下述四种假说比较通行:

1.阿尔泰语族说:与通古斯诸语言,古代朝鲜语一样,日语固有词中没有以r音开头的词,并且具有元音调和

2.朝鲜语同系说:朝鲜语与日语语法非常接近,但缺乏共同的基础词汇和音韵体系.包括高句丽语同系说和百济语起源说

3.南岛语族说:日语的接头词,高低声调和开音节与印度尼西亚语,他加禄语等有类似性

4.混合语言说:日语是以南岛语言为基干,添加了许多阿尔泰语言的要素形成的混合语言

下述5种假说受到的批判较多:

5.达罗毗荼语族说:日语是克里奥尔化的泰米尔语

6.埃及起源说:日语与拉丁语和希腊语是同系语言

7.希伯来语同系论:古代以色列"失去的10支派"向东迁移,于日本定居

8.莱普查语起源说

9.古代拉丁语起源说