1、首先明确合同中规定的考核扣款金额，双方协商并达成一致，确认最终的开票金额。

2、其次在开票时，将考核扣款金额从合同总金额中扣除，以实际开票金额为准开具发票，例如，合同总金额为100万元，考核扣款金额为10万元，那么实际开票金额应为90万元。

3、最后备注考核扣款事项，在开具发票时，在发票备注栏中注明考核扣款事项，以便对方了解实际情况，为了避免后续纠纷，妥善保存与考核扣款相关的证据，如合同、协议、收据等，方便随时查证。