商业会计在处理运费发票时，需根据发票上的不含税运费和税额分别计入相应的成本或费用账户。具体而言，当运费涉及采购商品时，通常情况下，不含税运费会被计入采购成本，而税额则需计入应交税费-应交增值税-进项税额。如果企业采用进销差价法核算商品成本，那么运费可能会被归入销售费用。而对于销售商品所发生的运费，通常直接计入销售费用。

当前，随着营改增政策的实施，商业企业在处理运费时，主要使用货物运输业增值税专用发票。这种发票上会明确列出不含税运费和税额。在进行账务处理时，会计分录应为：借方记录销售费用（对应不含税运费部分）和应交税费-应交增值税-进项税额（对应税额部分），贷方则记录应付账款或银行存款等科目（金额为运费发票的价税合计）。通过这种方式，企业能够准确记录和反映运费相关的财务信息。

在实际操作中，企业应根据自身的业务特点和成本核算方法，合理选择将运费计入采购成本还是销售费用。同时，正确处理进项税额，确保税务合规。值得注意的是，企业在记录运费时，需确保发票的真实性和合法性，以避免税务风险。

对于商贸企业而言，运费的正确记账不仅关系到财务报表的真实性和准确性，还直接关联到税务合规性。因此，企业在日常财务管理中应高度重视运费发票的处理，确保各项费用和税额的准确记录。