对于出口企业如果没有按照规定进行单证备案，有可能存在出口退税款被追缴的风险，而且可能仅仅因为单证备案出现问题而无法获得退税款，甚至更严重的可能涉嫌骗税的调查。

法律依据：
《中华人民共和国海关进出口货物减免税管理办法》第七条海关收到减免税申请人的减免税备案申请后，应当审查确认所提交的申请材料是否齐全、有效，填报是否规范。减免税申请人的申请材料符合规定的，海关应当予以受理，海关收到申请材料之日为受理之日；减免税申请人的申请材料不齐全或者不符合规定的，海关应当一次性告知减免税申请人需要补正的有关材料，海关收到全部补正的申请材料之日为受理之日。
不能按照规定向海关提交齐全、有效材料的，海关不予受理。