清华附中是公立中学，包括初中和高中。在清华附中初中读书的学生是推优生和特长生，另外，公立学校，由于义务教育制度，这类学生不收费的。

清华大学附属初级中学是清华大学所属的初中，不属于国家9年义务教育范畴学校，因此，除了清华大学职工之外，其他学生要收费。

但是，这两所学校在一个校园内，学习同样的课本，进度也一样，考试也一样，老师也是一样的。但是，在实际教学中也会有差异。