楼主的问题片面了，因为并不是所有以发行权益性证券的方式取得的长期股权投资，都是按权益性证券的公允价值作为初始投资成本的。而楼上其他几位老师的回答似乎也不全面。

长期股权投资其实分很多种，包括：1、对合营企业和联营企业的投资；2、对子公司的投资。对子公司的投资中还要进一步区分同一控制下取得长期股权投资形成的企业合并和非同一控制下取得长期股权投资所形成的企业合并。

下面具体讲解一下几种情况下长期股权投资的初始计量问题：

1、以发行权益性证券的方式取得长期股权投资实现联营或合营的，投资方应按所发行的权益性证券的公允价值与相关费用之和作为长期股权投资的初始成本。但是需要注意的是，支付的与发行证券相关的直接费用（比如为发行证券而支付给承销机构等的手续费和佣金等），不构成长期股权投资初始成本，而应从溢价收入中扣除（即冲减“资本公积-股本溢价”）；溢价收入不足冲减的，再冲减留存收益。

2、在同一控制下取得长期股权投资形成企业合并的，投资方应按合并日取得的被合并方所有者权益在最终控制方合并财务报表中的账面价值的份额和最终控制方之前合并被合并方时形成的商誉作为长期股权投资的初始成本，长期股权投资的初始成本与发行的权益性证券的面值之间的差额，调整“资本公积-股本溢价”。支付的合并过程中相关的费用计入“管理费用”，支付的与发行证券相关的直接费用也冲减“资本公积-股本溢价”；“资本公积”不足冲减的，冲减留存收益。

3、在非同一控制下取得长期股权投资形成企业合并的，投资方应按发行的权益证券的公允价值作为长期股权投资的初始成本。此时，支付的合并过程中相关的费用也是计入“管理费用”，支付的与发行证券相关的直接费用则是冲减权益性证券的溢价收入（资本公积-股本溢价）；溢价收入不够冲减的，则冲减留存收益。

以上纯手工码字，希望能有助于楼主理解。