1）致育因子（F质粒，F–因子，性因子等）：存在于肠细菌属、假单胞菌属、嗜血杆菌、奈瑟氏球菌、链球菌等细菌中，决定性别，与接合作用有关。

2）抗性因子（R质粒，R因子）：主要包括抗药性和抗重金属两大类。

3）产生抗生素和细菌素的质粒

4）致病性质粒——Ti质粒

5）降解性质粒只在假单胞菌属中发现

6）隐蔽质粒