建造师执业资格证书与注册证书是建筑行业中的两种重要证明，它们之间存在显著的区别。首先，建造师执业资格证书是由考试中心统一发放的资格证书，而注册证书则是由注册在一个有建筑资质的企业后，企业根据注册成功情况发放的。

发证单位的差异也是两者之间的关键区别之一。建造师执业资格证书的签发单位是本省的人力资源和社会保障厅，而注册证书则由建设部或其授权的注册管理机构发放，统一印制为《中华人民共和国建造师注册证》。

在意义方面，拥有执业资格证书并不意味着能成为注册建造师。只有持有建造师注册证书，才能表明持有者肯定拥有执业资格证书，否则无法申请注册，正式成为注册建造师。